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Die Geschichte der SGGMN spiegelt die Entwicklung der Medizin- und Wissenschaftsgeschichte im 20. Jahrhundert. Die Gesellschaft wurde 1921, noch vor der Institutionalisierung des Fachs in der Schweiz, gegründet. Ihr erster Sekretär, der bedeutende Medizinhistoriker Henry E. Sigerst, hielt als Wunsch fest, „die historisch interessierten Ärzte und Naturforscher der Schweiz zu vereinigen“.

Im Zentrum der Tätigkeiten standen bereits zu Beginn die Tagungen und Publikationen. Ab 1922 wurde die Buchreihe „Veröffentlichungen der Schweizerischen Gesellschaft für Geschichte der Medizin und der Naturwissenschaften“ publiziert, die seit 1990 als Supplementa von „Gesnerus“ weitergeführt werden. Die Gründung der Zeitschrift „Gesnerus“ 1943 ist Kennzeichen des zunehmend gefestigten Fundaments des Fachs in der Schweiz, in der nach Deutschland (1908) und den USA (1933) und vor England (1946), Spanien (1949), Italien (1964), Frankreich (1967) und Holland (1978) eine nationale Fachzeitschrift mit internationalem Anspruch herausgegeben wurde.

Mit der 1962 gegründeten Dr.-Markus-Guggenheim-Schnurr-Stiftung 1962 erhielt die Gesellschaft eine wichtige zusätzliche Stütze, die es erlaubte, jährlich einen Gedenkvortrag zu halten und den Henry-E.-Sigerist Preis für hervorragende Arbeiten des Nachwuchses auszurichten.

Die Errichtung universitärer Institute für Medizingeschichte in Zürich (1951), Bern (1979), Lausanne und Genf (1990) sowie entsprechender Institute bzw. Lehrstühle in Wissenschaftstheorie, -geschichte und –forschung in Zürich (1980), Genf (1988), Bern (1999), Basel (2001) und Lausanne (2002) bedeutete eine verstärkte Professionalisierung des Fachs, die sich auch in den aktuellen Strukturen und Zielen der Gesellschaft spiegelt. Die Absicht, „die historisch interessierten Ärzte und Naturforscher der Schweiz zu vereinigen“, verfolgt die Gesellschaft weiterhin, sie ist heute aber zudem die Fachvereinigung der professionellen Medizin- und WissenschaftshistorikerInnen in der Schweiz.

Zur Geschichte vgl. Gesnerus 28 (1971) 72-78 und 53 (1996) 165-174 (inkl. Liste der Vorstandsmitglieder 1921-1996).