Die SGGMN hat das Ziel, die Medizin- und Wissenschaftsgeschichte in der Schweiz zu fördern. Die 1921 gegründete Gesellschaft ist Mitglied der Schweizerischen Akademie der Naturwissenschaften SCNAT. Sie bildet eine Plattform für den wissenschaftlichen Austausch und pflegt den Kontakt zu anderen nationalen und internationalen Gesellschaften und Institutionen.

Die SGGMN veranstaltet jährlich eine Jahresversammlung mit Fachtagung und gibt die Zeitschrift Gesnerus heraus. Sie fördert junge Forscherinnen und Forscher und vergibt jährlich den Henry-E.-Sigerist-Preis für Nachwuchsförderung in der Geschichte der Medizin und der Naturwissenschaften.